Wolfgang Emanuel Schmidt konnte schon während seines Studiums bei David Geringas und Aldo Parisot bei zahlreichen Wettbewerben auf sich aufmerksam machen: So verlieh ihm beim Internationalen Rostropovitch-Wettbewerb die Jury unter dem Vorsitz von Mstislav Rostropovitch den Grand Prix de la Ville de Paris und zusätzlich den Preis für zeitgenössische Musik. Zudem gewann er den Preis des Deutschen Musikwettbewerbs in Bonn und den 1. Preis beim International Australasian Cello Competition in Neuseeland. Er ist Preisträger des Internationalen Tschaikowsky-Wettbewerbs in Moskau sowie des International Leonrad Rose Cello Competition in den USA.
Seitdem konzertierte Wolfgang Emanuel Schmidt in Europa, Rußland und den USA als Solist mit renommiertesten Orchestern, wie u.a. dem Gewandhausorchester Leipzig, dem Rundfunk-Sinfonieorchester Berlin, dem Deutschen Symphonie-Orchester Berlin, der Radiophilharmonie des NDR, dem Philharmonischen Staatsorchester Hamburg, der Sinfonia Varsovia, dem Orchestre Philharmonique de Radio France, dem Tokyo Symphony Orchestra, den Rundfunkorchestern von Prag und Ljubljana, den Baltimore und Houston Symphony Orchestras sowie dem Saint Paul Chamber Orchestra und der Philharmonia Prag unter Dirigenten wie Charles Dutoit, Marek Janowski, Rafael Frühbeck de Burgos, Yutaka Sado, Hugh Wolff, Jiri Belohlavek, Vassili Sinaiski, Gerd Albrecht, Andrey Boreyko, Eivind Gullberg Jensen, Gabriel Feltz, Michael Sanderling, Markus Poschner und Fabrice Bollon.
Ebenso ist er gern gesehener Gast u.a. bei den Ludwigsburger Schloßfestspielen, beim Rheingau-Musikfestival und beim Schleswig-Holstein Musikfestival, wo er bereits zusammen mit Christoph Eschenbach konzertierte.
Intensiv widmet sich Wolfgang Emanuel Schmidt auch der Kammermusik, wo er mit bedeutenden Künstlern wie Lang Lang, Emanuel Ax, Gil Shaham, Nikolaj Znaider, Leonidas Kavakos, Kyoko Takezawa, Miriam Fried, Edgar Meyer und David Shifrin auftrat. Zudem war er Mitglied der Chamber Music Society Two of Lincoln Center in New York und bildet mit Jens Peter Maintz das Cello-Duo Cello Duello.
Konzerte der vergangenen Spielzeiten führten ihn in die Berliner Philharmonie, in die Alte Oper Frankfurt, in die Philharmonie am Gasteig und den Herkulessaal München, ins Kennedy Center Washington, in die Carnegie Hall sowie die Alice Tully Hall in New York, ins Theatre de Chatelet und Theatre de Champs Elysee in Paris, die Wigmore Hall London, Prags Rudolfinum sowie Tokyos Suntory Hall.
Im September 2001 erschien bei Sony Classical seine CD French Impressions, im September 2004 folgte ebenfalls bei Sony Classical seine in der Presse hochgelobte Einspielung der Cellokonzerte von Sergei Prokofiev. Im letzten Jahr erschien seine Einspielung der Cellokonzerte von Schumann und Elgar bei Sony Classical. Beim Label Capriccio erschien zudem seine Aufnahme von Blochs Voice in the Wilderness mit dem Rundfunk-Sinfonieorchester Berlin.
Wolfgang Emanuel Schmidt spielt auf einem Violoncello von Matteo Gofriller aus dem ehemaligen Besitz von Hugo Becker.